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调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐***、溶磷菌、光合***和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有***植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。

国内外大量研究表明， 施用生物有机肥可以有效防治土传病害。利用对枯萎病有拮抗作用的多黏类芽孢菌制成的生物有机肥， 其田间防治效果达到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分别制成的茄子专用生物肥BIO-36 和BIO-23， 经盆栽试验验证，这两种肥料均能有效***茄子青枯病， 防病率分别为96％和91％。目前，生物有机肥在防治蔬菜、水果、***等作物土传病害方面效果十分显著， 是防治土传病害的一条重要且有效的生态调控防病途径。

平面条垛式堆肥工艺： 　　

生产流程：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂； 　　

优点：***小、工艺相对简单。　　

缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。 　　

式好氧发酵工艺： 　　

生产流程：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂； 　　

优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小。 　　

缺点：设备投入大、***大。