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农家肥是农户将人畜粪便以及其它原料加工而成的，常见的有厩肥、堆肥、沼气肥、熏土和草木灰等。收获植物及其加工残物也是一类具有较好应用价值的农家肥，其中大豆饼、棉籽饼等饼粕类养分含量比较高，特别是氮都在5%以上。稻草和秸秆养分较低，一般总养分在2%-3%。有的有机肥料则以供应农作物所需养分为主，如人粪尿、鸡粪等等，这种差别主要视不同有机肥料中有机质和含氮量之间的比例而定。绿肥是利用其植物体的全部或部分作为肥料。常用的绿肥作物有紫云英、苜蓿、豌豆、毛苕子和紫穗槐等。

有机肥料的作用：有机肥料按其养分含量与化学肥料相比，前者是养分种类多，氮、磷、钾、钙、镁、硫和微量元素都有，而后者比较单一，氮素化肥只含氮，磷素化肥只含磷，钾素化肥只含钾，即使是复合肥料也只含氮、磷、钾等有限几种养分。但是，有机肥料所含各种养分种类虽然齐全，其浓度却比较低，以鸡粪为例，它的氮含量约为1.6%，磷含量约为1.5%，钾含量约为0.9%，即100千克鸡粪含氮（N）1.6千克，磷（P2O5）1.5千克，钾（K2O）0.9千克。化肥中尿素含氮46%，即100千克尿素含氮（N）46千克，绿化钾含钾60%，100千克绿化钾含K2O60千克，化肥所含养分浓度比有机肥高得多。有机肥料中含有大量的有机质，这是化肥所没有的。生物肥料（微生物肥料）的种类较多，按照制品中特定的微生物种类可分为菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、线菌肥料（如抗生菌肥料）、菌类肥料（如菌根菌）。有机肥料施入土壤后要经微生物分解、腐烂后才能释放出养分供作物吸收，化肥则施入土壤后即能发挥作用。所以，有机肥料含养分种类多，浓度低，释放慢；化肥则与之相反，养分单一，浓度高，释放快。两者各有优缺点，有机肥应与化肥配合施用才能扬长避短，充分发挥其效益。

沤肥作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与河、塘泥及人粪尿同置于积水坑中，经微生物厌氧呼吸发酵而成的肥料。一般作基肥施入稻田。沤肥可分凼肥和草塘泥两类。人尿含水分和尿素、盐、尿酸、马尿酸、磷酸盐、铵盐、微量元素及生长素等。凼肥可随时积制，草塘泥则在冬春季节积制。积制时因缺氧，使二价铁、锰和各种有机酸的中间产物大量积累，且碳氮比值过高和钙、镁养分不足，均不利于微生物活动。应翻塘和添加绿肥及适量人粪尿、石灰等，以补充氧气、低降碳氮比值、改善微生物的营养状况，加速腐熟。